管理費實行預決算管理。管理中心年度管理費預算通過科學技術部報財政部審批后，列入創(chuàng)新基金預算。年度管理費決算經(jīng)審計后，通過科學技術部報財政部?！　〉诎藯l　其他費用是指經(jīng)財政部批準開支的與創(chuàng)新基金有關的其他支出。   
第三章 
項目審批和資金撥付　　第九條　企業(yè)依照《科技型中小企業(yè)技術創(chuàng)新基金項目管理暫行辦法》申請創(chuàng)新基金。管理中心具體負責項目的受理、評審和監(jiān)管。　　第十條　企業(yè)在申報項目時須經(jīng)省級科技主管部門推薦。出具推薦意見前，須征求同級財政部門對項目的意見，并將推薦項目名單抄送省級財政部門備案?！　〉谑粭l　通過受理審查的項目，管理中心組織專家和評估機構進行評審、評估。根據(jù)評審、評估意見，管理中心本著“擇優(yōu)支持”的原則，提出創(chuàng)新基金支持的項目和金額建議，報科學技術部、財政部審批。經(jīng)科學技術部、財政部審批的項目正式立項。　　第十二條　創(chuàng)新基金項目實行合同管理，正式立項的項目由管理中心與項目承擔企業(yè)、推薦單位簽訂合同。　　第十三條　創(chuàng)新基金項目資金在合同簽訂后分兩次撥付。采用無償資助方式支持的項目立項后撥付70%，項目驗收合格后再撥付其余資金（第二次撥款）；采用貸款貼息方式支持的項目立項后按企業(yè)有效借款合同及付息單據(jù)核定的應貼息數(shù)額撥付80%，項目驗收合格后再撥付其余資金（第二次撥款）?！　〉谑臈l　管理中心依據(jù)合同金額每年分批編制立項項目用款計劃，報財政部審批?！　〉谑鍡l　管理中心每年根據(jù)項目驗收情況分批編制二次撥款計劃，報財政部審核?！　〉谑鶙l　財政部對管理中心報送的立項項目用款計劃和二次撥款計劃審核后，將創(chuàng)新基金項目資金指標下達到項目所在地省級財政部門，并按照財政國庫管理制度的有關規(guī)定辦理資金支付。   
第四章 
監(jiān)督管理與檢查　　第十七條　省級科技主管部門負責當?shù)貏?chuàng)新基金項目的日常監(jiān)督管理和驗收工作；省級財政部門負責對當?shù)貏?chuàng)新基金的運作和使用進行監(jiān)督、檢查，參與項目的驗收工作；管理中心負責制訂項目監(jiān)督管理和驗收的工作規(guī)范，組織實施項目監(jiān)督管理和驗收工作，分析總結項目執(zhí)行情況?！　〉谑藯l　項目承擔企業(yè)應按要求定期填報監(jiān)理信息調(diào)查表（半年報、年報）。省級科技主管部門可委托地市級科技主管部門或國家級高新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)管委會對項目執(zhí)行情況進行檢查和監(jiān)理。管理中心根據(jù)企業(yè)監(jiān)理信息調(diào)查表、省級科技主管部門的監(jiān)理意見、省級財政部門的檢查意見、實地檢查情況等，提出項目執(zhí)行情況分析報告，報送科學技術部、財政部。　　第十九條　省級財政部門、科技主管部門應加強對創(chuàng)新基金項目的跟蹤問效?？萍贾鞴懿块T應將本地區(qū)項目監(jiān)理信息匯總情況抄送省級財政部門。省級財政部門要定期抽查項目執(zhí)行情況，對于所轄地區(qū)創(chuàng)新基金使用管理情況提出年度執(zhí)行情況報告，下一年度4月底前報送財政部，同時抄送管理中心?！　〉诙畻l　項目承擔企業(yè)應嚴格執(zhí)行國家有關財經(jīng)法規(guī)、財務規(guī)章制度，認真履行合同，科學、合理、有效地安排和使用創(chuàng)新基金撥款，保證?？顚Ｓ茫瑖澜亓?、挪用?！　〉诙粭l　項目承擔企業(yè)須對項目資金進行單獨核算，并接受有關部門的監(jiān)督管理和檢查。無償資助項目承擔企業(yè)，在收到創(chuàng)新基金撥款后作為專項應付款處理，其中：形成資產(chǎn)部分轉入資本公積，消耗部分予以核銷；貸款貼息項目承擔企業(yè)，在收到創(chuàng)新基金撥款后作為沖減當期財務費用處理?！　〉诙l　省級財政部門、省級科技主管部門對創(chuàng)新基金項目實行定期檢查，管理中心實行重點檢查。財政部、科學技術部采取委托有關監(jiān)督檢查部門抽查、社會中介機構檢查以及社會監(jiān)督相結合的方式，加大對創(chuàng)新基金實施過程的監(jiān)督檢查力度?！　〉诙龡l　企業(yè)在項目執(zhí)行過程中如有重大違約行為，將終止合同并采取通報、停止撥款、追回項目資金等相應處理措施。需追回項目資金的，由管理中心負責監(jiān)督企業(yè)將未使用的扶持資金如數(shù)上繳國庫，已形成資產(chǎn)的將資產(chǎn)變現(xiàn)后上繳國庫?！　》策`反創(chuàng)新基金有關管理辦法及國家財經(jīng)紀律、財務制度的行為，將視情節(jié)分別依據(jù)國家有關法律、法規(guī)的規(guī)定處理。